高羊茅EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

编号 zgly0001525355

文献类型 期刊论文

文献题名 高羊茅EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

作者 李家丽  高雪  王秀华  石香雪  于鸿翔  赵岩 

作者单位 山东农业大学资源与环境学院土肥资源高效利用国家工程实验室  山东农业大学农学院作物生物学国家重点实验室 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2016年12期

年份 2016 

分类号 S688.4 

关键词 高羊茅  EST-SSR  通用性  标记开发  遗传多样性 

文摘内容 采用从其他作物转移与利用自身EST序列设计两种方法为高羊茅(Festuca arundinacea L.)开发EST-SSR分子标记,并利用所开发标记对高羊茅品种(系)进行遗传多样性分析。利用来自小麦、大麦、玉米、高粱和水稻的732对EST-SSR在高羊茅上进行通用性分析,得到406个有效的扩增引物对(55.46%)。利用高羊茅EST数据库(Gen Bank/db EST)中63 853条EST序列进行微卫星序列的查找,共发现包含微卫星的EST序列420条,占整个EST总数的0.658%。其中三核苷酸基序出现频率最高(43.33%),次之为二核苷酸基序(33.57%)。二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高(16.90%),三核苷酸基序以CAG/GTC出现的频率最高(10.63%)。进一步运用Primer 5.0软件设计了108个引物对,并交上海桑尼公司合成。PCR检测表明,92个引物对(85.19%)在高羊茅中均可以扩增出稳定清晰的带型。从498对(其中5种作物的406对,高羊茅的92对)有效扩增的EST-SSR引物中随机选取81对引物,对12个高羊茅品种(系)进行扩增。79个引物对显示出多态性(97.53%)。共检测到133个等位变异,平均每对引物有1.68个等位变异;多态性信息含量(PIC)值最高为0.66,最低为0.14,平均为0.48。聚类分析结果表明,12份材料在相似系数为0.61处可分为5大类:第Ⅰ类为‘爆发力’和‘法思’;第Ⅱ类为‘强劲’、‘家园’和‘翠碧A’;第Ⅲ类为‘可其思3号’和‘凌志’;第Ⅳ类为‘雅典娜2号’、‘美洲虎3号’、‘火凤凰’和‘TF160’;‘球道’单独为第Ⅴ类。