拟轮枝镰孢菌EST-SSR信息分析与标记开发

编号 zgly0001644185

文献类型 期刊论文

文献题名 拟轮枝镰孢菌EST-SSR信息分析与标记开发

作者 李新凤  王建明  姜晓东  郝晓娟  张祖维  田宏先 

作者单位 山西农业大学农学院  山西农业大学动物科技学院  山西省农业科学院高寒区作物研究所 

母体文献 植物保护学报 

年卷期 2018年04期

年份 2018 

分类号 S432.4 

关键词 拟轮枝镰孢菌  EST-SSR  信息分析  遗传多样性  通用性 

文摘内容 为开发可用于拟轮枝镰孢菌Fusarium verticillioides及其近缘种遗传多样性分析的SSR引物,利用生物信息学方法和PCR技术,通过对从NCBI下载的87 086条拟轮枝镰孢菌的EST序列信息进行分析,设计EST-SSR引物,检测其在拟轮枝镰孢菌及其近缘种中的扩增情况,并用筛选出的多态性引物对15株拟轮枝镰孢菌进行SSR遗传多样性分析。结果表明,在EST序列中,共查找到11 952个SSR位点,592种重复基元,SSR出现频率为1.09%,重复基元出现数量最多的为三核苷酸(54.00%),其中(CAA/TTG)n基元出现频率最高。设计的25对EST-SSR引物在拟轮枝镰孢菌种内的有效扩增率和多态率分别为80.00%与32.00%,对5种近缘镰孢菌种的通用率和多态率分别为40.00%和8.00%。遗传多样性分析结果表明,在相似系数为0.664水平下,供试菌株可划分为4个SSR类群,但类群的划分与菌株的地理来源无关;不同菌株间存在明显的遗传分化。表明基于拟轮枝镰孢菌EST序列开发的SSR引物可用于拟轮枝镰孢菌及其近缘种的遗传多样性分析。