小黑杨基因组的初步组装及SSR信息分析

编号 zgly0001660498

文献类型 期刊论文

文献题名 小黑杨基因组的初步组装及SSR信息分析

作者 周玉敏  王遂  刘轶  李开隆  由香玲 

作者单位 湖北生态工程职业技术学院  东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室 

母体文献 植物研究 

年卷期 2019年01期

年份 2019 

分类号 S792.11 

关键词 小黑杨  基因组  SSR 

文摘内容 小黑杨是人们以小叶杨和欧洲黑杨为亲本培育出的杂交种,兼具双亲生长速度快、抗性强的优点。本研究通过二代测序技术,对小黑杨进行全基因组测序,初步组装出小黑杨基因组,并以此为基础,识别分析其SSR序列,为小黑杨品种划分、表型性状关联等提供参考。结果表明,共组装得到了366 876条总计368.96 Mbp的contig序列;对其中不小于2 000 bp的21 788条的非冗余contig进行SSR分析,共识别出18 111条SSR序列,其中一、二、三核苷酸重复基序较多。对得到的SSR序列设计引物,共得到12 838对引物,供今后实验使用。