基于灯盏花全基因组SSR位点分析及多态性引物开发

编号 zgly0001639766

文献类型 期刊论文

文献题名 基于灯盏花全基因组SSR位点分析及多态性引物开发

作者 刘松卫  卢迎春  宋婉玲  韦坤华  杨生超  张广辉 

作者单位 云南农业大学西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心  广西壮族自治区药用植物园广西药用植物保护与遗传改良重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年12期

年份 2018 

分类号 S567.239 

关键词 灯盏花  基因组  SSR  多态性 

文摘内容 本研究利用MISA工具筛选灯盏花基因组测序获得的462 622条scaffolds,对其SSR位点信息进行分析,Primer 3设计SSR引物,随机选取200对引物对60株灯盏花进行多态性扩增分析。研究结果表明:从灯盏花基因组中搜索到的231 852个SSR位点中,二核苷酸基序是主要的重复类型,占总SSR的47.14%;AT/AT是最多的二核苷酸重复基元,占二核苷酸重复基元的74.60%,AAT/ATT是出现最多的三核苷酸重复基元,占三核苷酸重复基元的15%。PCR扩增发现,200对引物中有30对(15%)表现出稳定的多态性差异。灯盏花基因组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为灯盏花的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记,利于开展灯盏花的遗传育种研究。