杨梅基因组SSR引物的开发与应用

编号 zgly0001659534

文献类型 期刊论文

文献题名 杨梅基因组SSR引物的开发与应用

作者 张淑文  梁森苗  郑锡良  任海英  朱婷婷  戚行江 

作者单位 浙江省农业科学院园艺研究所  浙江省农业科学院农业农村部创意农业重点实验室 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2019年01期

年份 2019 

分类号 S667.6 

关键词 杨梅  基因组  SSR 

文摘内容 基于杨梅(Myrica rubar Sieb. et Zucc.)基因组序列信息,研究了1 431条scaffold中SSR位点的分布特点。共发掘到二至六核苷酸SSR位点43842个,分布在623条scaffold中,共有194种重复单元。二核苷酸SSR位点有36 383个,占总SSR的82.99%;AG/CT的出现频率最高,为55.70%,占总SSR位点的46.23%。三核苷酸SSR位点有6 115个,占总SSR的13.95%。四核苷酸SSR位点有827个,占1.89%。五核苷酸SSR位点为245个,占0.56%。六核苷酸SSR位点为272个,占0.62%。设计合成了59对基因组SSR引物,多态性分析显示,高度多态性引物26对,中度多态性引物为33对;将其应用于杨梅优株早鲜856及其他13个主栽品种的聚类分析,结果表明,上述引物在相似系数0.56处将14份杨梅材料分为两个群体,早鲜856与其他13个主栽品种在DNA水平上均存在差异,且与对照品种‘早色’的相似系数为0.86。