简单重复DNA序列在哺乳动物mtDNA D-loop区的分布及进化特征

编号 zgly0000705655

文献类型 期刊论文

文献题名 简单重复DNA序列在哺乳动物mtDNA D-loop区的分布及进化特征

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 危金普  潘学峰  李红权  段斐 

作者单位 北京理工大学生命学院  河北大学医学部 

母体文献 遗传 

年卷期 2011,33(1)

页码 67-74

年份 2011 

分类号 Q959.468 

关键词 哺乳动物  线粒体DNA  D-loop区  简单重复序列  分子进化 

文摘内容 简单重复序列广泛分布于从原核到真核生物的基因组中,其形成的分子机理目前尚不明确。对NCBI数据库中已有256种哺乳动物线粒体DNA(mtDNA)D-loop区进行序列比对分析,根据其所含有的简单重复序列类型分为3组,分别是53种哺乳动物含有六核苷酸重复序列;104种哺乳动物含有非六核苷酸重复序列(〉6bp);99种哺乳动物不含有任何重复序列。通过碱基序列分析比对,发现六核苷酸重复序列集中分布在CSB1-CSB2间隔区,而非六核苷酸重复可以分布于终止区(TAS)、中央保守区(Central domain)以及CSB(Central sequence block)区。通过比较含有重复序列与不含重复序列的功能保守区发现,简单重复序列的存在并不明确影响D-loop区内的中央保守区以及CSB1、CSB2、CSB3三个功能保守区的碱基序列保守性。在此基础上,利用N-J法构建了256种哺乳动物的进化树,分析了哺乳动物D-Loop区内重复序列在进化过程中的可能变化规律,发现简单重复序列随着物种的进化地位的升高而呈现消失趋势。