梨Ty1-copia反转录转座子的克隆及IRAP分子标记体系的建立

编号 zgly0001533108

文献类型 期刊论文

文献题名 梨Ty1-copia反转录转座子的克隆及IRAP分子标记体系的建立

作者 周鹏  张士伟  翟锐  王志刚  徐凌飞 

作者单位 西北农林科技大学园艺学院农业部西北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2016年02期

年份 2016 

分类号 S661.2 

关键词 梨  芽变  反转录转座子  进化分析  IRAP 

文摘内容 【目的】从早酥梨及其红皮芽变基因组中分离Ty1-copia反转录转座子全长序列,分析序列特点,并基于其中长末端重复序列(LTR)建立IRAP分子标记体系。【方法】以早酥梨及其红皮芽变和极早熟芽变植株叶片为试材,根据已知的Ty1-copia反转录转座子保守区域设计引物,利用同源克隆技术得到目的基因。根据基因两端LTR序列设计引物,建立IRAP分子标记体系,并对早酥梨及其芽变进行遗传分析。【结果】从早酥梨基因组中获得2条Ty1-copia反转录转座子全长序列,分别命名为PbTYZS1和PbTYZS2,长度分别是9 363和9 632bp。从红色芽变基因组中获得1条序列,命名为PbTYRM1,长度为9 652bp。经结构分析,获得的3条序列都是典型的Ty1-copia反转录转座子,但其开放阅读框(ORF)的完整性发生了变化。利用反转录转座子LTR保守区域设计引物成功建立了IRAP分子标记体系,早酥梨与红皮芽变的平均遗传距离为0.104,与极早熟芽变的遗传距离为0.115,并且早酥梨与极早熟芽变的多态性为20.41%,较之与红皮芽变的多态性(18.89%)更为丰富。【结论】早酥梨及其红皮芽变基因组中都含有完整结构的Ty1-copia反转录转座子,建立的IRAP分子标记体系可以得到清晰稳定的多态性指纹图谱。