编号
zgly0001655895
文献类型
期刊论文
文献题名
金针菇基因组测序与组装策略分析
作者单位
福建农林大学园艺学院
福建农林大学菌物研究中心
新加坡国立大学计算机学院
母体文献
菌物学报
年卷期
2018年12期
年份
2018
分类号
S646.15
关键词
denovo组装
组装策略
二代测序
三代测序
金针菇
文摘内容
采用二代和三代测序技术分别对金针菇单核体菌株6-3进行测序,应用4种组装策略进行基因组的denovo组装,对比组装效果。基因组组装的参数方面,仅使用二代测序组装的效果最差,长度大于10kb的Contig全长只有24.6Mb,Contig N50只有23kb,组装率只有59.27%。采用三代组装二代校正的组装策略效果最好,长度大于10kb的Contig全长为38.3Mb,Contig N50为2.8Mb,组装率高达92.16%。保守单拷贝基因拼接效果方面,4种组装策略获得基因组序列与BUSCO数据库里的担子菌的保守单拷贝基因比对,基因完整性均大于94%。在组装准确性方面,经过PCR扩增、Sanger测序验证,三代组装二代校正的基因组序列完整并且连续,同时序列上碱基的SNP、InDel数量最少。综上所述,三代组装二代校正得到的基因组序列具有Contig N50值大、组装率高、碱基准确性高的特点,是食用菌基因组测序较为理想的方案。