金针菇rDNA序列结构特征分析

编号 zgly0001655899

文献类型 期刊论文

文献题名 金针菇rDNA序列结构特征分析

作者 徐伟南  黄蓉梅  刘媛媛  谢路昱  江玉姬  谢宝贵 

作者单位 福建农林大学园艺学院  福建农林大学菌物研究中心  新加坡国立大学计算机学院 

母体文献 菌物学报 

年卷期 2018年12期

年份 2018 

分类号 S646.15 

关键词 三代测序  完整的rDNA  转录组  基因间隔区  金针菇 

文摘内容 rDNA序列中的ITS作为DNA barcoding广泛应用于真菌的系统发育与物种辅助鉴定,IGS被认为可以用于种内水平不同菌株的鉴别。食用菌中还没有完整的rDNA序列的报道。本研究采用二代和三代测序技术分别对金针菇单核菌株6-3进行测序,用二代测序的数据对三代测序组装得到的基因组序列进行修正,得到一个在基因完整性、连续性和准确性均较好的基因组序列,对比Fibroporia vaillantii rDNA序列,获得金针菇完整的rDNA序列。金针菇rDNA序列结构分析表明,它有8个rDNA转录单元,长度均为5 903bp,有9个基因间隔区,其长度有较大差异,3 909–4 566bp。rDNA转录单元中,各元件的序列长度分别为:18S rDNA 1 796bp、ITS1 234bp、5.8S rDNA 173bp、ITS2 291bp、28S rDNA 3 410bp。基因间间隔区中,IGS1 1 351–1 399bp、5S rDNA 124bp、IGS2 2 435–3 092bp。金针菇的5S、5.8S、18S、28S rDNA序列准确性得到转录组数据的验证,也得到系统发育分析结果的支持。多序列比对发现,不同拷贝的基因间间隔区序列(IGS1和IGS2)存在丰富的多态性,多态性来源于SNP、InDel和TRS(串联重复序列),而TRS来源于重复单元的类型和数量。9个基因间间隔区之间,IGS1只有少量的SNP和InDel,IGS2不仅有SNP和InDel,还有TRS。本研究结果提示,在应用IGS进行种内水平不同菌株之间的鉴别时,需要选取不同拷贝之间的保守IGS序列。