基于RAD-seq技术的异型花SSR信息分析

编号 zgly0001568026

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RAD-seq技术的异型花SSR信息分析

作者 王久利  朱明星  徐明行  陈世龙  张发起 

作者单位 中国科学院高原生物适应与进化重点实验室中国科学院西北高原生物研究所西北生态环境资源研究院  中国科学院大学  青海大学生态环境工程学院 

母体文献 植物研究 

年卷期 2017年03期

年份 2017 

分类号 Q943.2 

关键词 RAD-seq  简化基因组测序  异型花  SSR  獐牙菜亚族 

文摘内容 用RAD-seq(restriction-site associated DNA sequencing)对异型花(Sinoswertia tetraptera(Maxiowicz)T.N.Ho,S.W.Liu&J.Q.Liu)进行简化基因组测序,并借此分析异型花的SSR(simple sequence repeats)信息。利用SR search软件甄别所得序列中的SSR,得到了双端各有至少100 bp的SSR位点5 844个,其中5 339个(91.38%)成功设计引物,而三核苷酸SSR位点最多(3 323个);在能成功设计引物的SSR位点中,重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共277种,其中五核苷酸基序种类最多(106种);随机挑选10对SSR引物,用4个异型花居群的32个个体检测检测其可用性和多态性,经PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,有4对(ST2、ST3、ST6和ST10)成功扩增并表现出多态性;经GENEPOP 4.4对4个位点分析,显示其等位基因数量均值为6,多态性较高且不连锁(P<0.01);4个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度均值0.023),该结果归因于异型花主要进行自花授粉,在自然界中很难形成进行自由交配的居群;此外,ST2和ST6可在椭圆叶花锚(Halenia elliptica D.Don)中成功扩增,具有潜在通用性。本研究将为日后基于异型花SSR标记的相关研究提供数据库支持。