椭圆叶花锚简化基因组的SSR信息分析及SSR引物开发

编号 zgly0001645262

文献类型 期刊论文

文献题名 椭圆叶花锚简化基因组的SSR信息分析及SSR引物开发

作者 王久利  陈世龙  邢睿  宋相杰  朱明星  张发起 

作者单位 中国科学院高原生物适应与进化重点实验室中国科学院西北高原生物研究所西北生态环境资源研究院  中国科学院大学  青海大学生态环境工程学院  青海省作物分子育种重点实验室 

母体文献 植物研究 

年卷期 2018年02期

年份 2018 

分类号 Q943.2 

关键词 椭圆叶花锚  RAD-seq  SSR分子标记  简化基因组测序 

文摘内容 基于RAD-seq简化基因组测序技术获得椭圆叶花锚(Halenia ellipitica D.Don)简化基因组水平上的序列信息并开发SSR分子标记。利用SR search软件检测而得到双端各有至少100 bp的五种类型的SSR(二、三、四、五、六核苷酸)位点共6 201个,并成功设计其中3 865个SSR引物。在能成功设计引物的SSR位点中,三核苷酸SSR位点最多;重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共达316种,其中五核苷酸基序种类最多(91种)。从中挑选65对可对应五种SSR类型的引物,经梯度PCR检验后,利用椭圆叶花锚的4个居群32个个对可扩增的引物进行PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,其中14对引物能在绝大多数个体中扩增,且13对具多态性。13个多态性位点的等位基因数量均值为5.462,多态性较高且不连锁(P<0.05);其中10个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度Ho均值0.226);近交系数在-0.443~1,均值为0.656;基因流N_m为0.474。