基于叶球转录组数据比较的甘蓝杂种优势分析

编号 zgly0001674370

文献类型 期刊论文

文献题名 基于叶球转录组数据比较的甘蓝杂种优势分析

作者 李升娟  许忠民  郭佳  张恩慧  姜娇  石汶汶 

作者单位 西北农林科技大学园艺学院 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2019年06期

年份 2019 

分类号 S635 

关键词 甘蓝  杂种优势  转录组分析  差异表达基因 

文摘内容 对甘蓝两个杂交组合F1的杂种优势进行了田间性状统计分析以及叶球转录组测序分析。所调查的9个园艺学性状中,单球质量和球主叶柄质量在F1代及其亲本之间差异显著,其中单球质量的中亲优势和超亲优势在两个组合F1中表现突出,即产量杂种优势较为明显。通过叶球转录组分析,分别筛选获得了4组差异表达基因,在相同标准下,两个杂交组合中父本与F1代的差异表达基因明显多于母本与F1代的差异表达基因,表明母本的表达谱与F1更相似,即母本在F1叶球杂种优势形成中的贡献较大,而且上调差异表达基因的差异倍数明显高于下调差异表达基因,表明上调基因在F1代甘蓝叶球杂种优势建成中有重要作用。进一步将差异表达基因进行GO（Gene ontology）分类、COG（Cluster of orthologous groups of proteins）分类、KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）通路富集分析以及可变剪接分析,发现差异表达基因显著富集到生长发育、碳水化合物转运和代谢、信号转导以及氨基酸的合成、转运和代谢等途径。随机选取7个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,结果与RNA-seq数据基本一致,证明转录组数据的可靠性。本研究中获得的与甘蓝叶球杂种优势形成相关的差异表达基因,为后续甘蓝杂种优势分子机制研究提供数据支持。