黄独微型块茎低温离体保存的转录组分析

编号 zgly0001577717

文献类型 期刊论文

文献题名 黄独微型块茎低温离体保存的转录组分析

作者 洪森荣  吴辉  钟露  熊思敏  罗霞  刘行 

作者单位 上饶师范学院生命科学学院 

母体文献 植物研究 

年卷期 2018年01期

年份 2018 

分类号 S567.239 

关键词 黄独  微型块茎  低温离体保存  转录组分析 

文摘内容 以黄独微型块茎为材料,进行了4℃低温离体保存,并对其进行了转录组分析。结果表明:原始数据进行质量预处理后,对照组(Con25)和处理组(Con4)的reads有效比分别为98.67%和98.69%;对拼接序列去重复后最终得到了219 792个长度大于200 bp的transcripts(177 Mb)和161066个Unigenes(99 Mb);Unigenes的NR注释数目最多的10个物种分别为出芽短梗霉EXF-150、葡萄、可可、水稻粳稻组、无油樟、谷子、出芽短梗霉变种namibiae CBS 147.97、麻疯树、短至生黑醋杆菌CBS 110374和无花果拟盘多毛孢w106-1;样本注释基因最多的5个KOG是一般的功能预测、信号转导机制、翻译后修饰和蛋白质周转以及伴侣、翻译和核糖体结构和生物合成、能源生产和转换;样本KEGG注释Unigenes最多的5个pathway分别为碳代谢、氨基酸生物合成、糖酵解途径、淀粉蔗糖代谢和丙酮酸代谢。注释到的Unigenes个数为26 006,注释到的不同酶数为1 177,映射到的不同pathway数为327;样本基因的功能在Biological Process分类中主要聚集于cellular process和metabiolic process,在Cellular Component分类中主要聚集于cell和cell part,在Molecular Function分类中主要聚集于binding和catalytic activity;在黄独微型块茎低温离体保存中,共获得164 145个差异表达基因,其中有63 305个基因表达上调,有100 840个基因表达下调;差异表达基因部分极其显著的GO term有液泡继承、单链断裂修复、纺锤体伸长、麦芽糖分解代谢过程、甘露糖基转移酶的活性、甘露糖磷酸转移酶活性、细胞壁甘露糖蛋白的生物合成过程、G1期细胞有丝分裂周期早期细胞芽和有丝分裂纺锤体定位的建立;差异表达基因部分极其显著的pathway有原发性胆汁酸的生物合成、类固醇激素的合成、氯代环己烷和氯苯降解、双酚A降解、氟苯甲酸降解、糖胺聚糖合成硫酸软骨素、糖胺聚糖合成硫酸乙酰肝素、甲苯降解、萘的降解和核黄素代谢。本实验结果可为黄独微型块茎的种质保存和后续萌发提供理论依据。