芳樟叶片转录组测序及萜类合成调控相关基因表达分析

编号 zgly0001738049

文献类型 期刊论文

文献题名 芳樟叶片转录组测序及萜类合成调控相关基因表达分析

作者 曹瑞兰  胡冬南  周增亮  刘爽  陈尚钘  刘娟 

作者单位 江西农业大学林学院江西省森林培育重点实验室  郑州工业应用技术学院 

母体文献 西南林业大学学报:自然科学 

年卷期 2021,41(5)

页码 49-57

年份 2021 

分类号 S792.23 

关键词 芳樟  基因  注释  转录组分析  表达分析  SSR标记 

文摘内容 通过Illumina HiSeqTM 2000高通量测序技术对芳樟和杂樟(对照)叶片进行转录组学测序分析,并对所涉及的Unigene在GO、Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-prot和KEGG中进行分类、功能注释和Pathway注释。结果表明:2类樟树叶片转录组检测共产生34.45 GB clean数据,组装了312 457个Unigene。其中,11 685个Unigenes鉴定为芳樟叶和杂樟叶的差异表达基因,在芳樟中6 481个被鉴定为上调的Unigenes和5 204个为下调Unigenes;对其进行GO功能富集发现并鉴定了编码萜类合成酶Unigenes 39个,包括单萜生物合成6个,二萜生物合成7个,倍半萜和三萜生物合成12个,萜类骨架合成14个。对萜类合成酶TPS14基因进行转录组FPKM和q-PCR验证发现,其表达量在芳樟中较杂樟更低,可能与其转录过程的选择性剪切有关。通过SSR位点分析,从88 016个Unigene中共检测到134 851个SSR位点,其中单个SSR位点有103 478个Unigene,含2个及2个以上SSR位点有31 373个Unigene。