竹类植物EST-SSRs分布特征及应用

编号 zgly0000662706

文献类型 期刊论文

文献题名 竹类植物EST-SSRs分布特征及应用

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 杨丽  管雨  张智俊 

作者单位 亚热带森林培育国家重点实验室培育基地 

母体文献 农业生物技术学报 

年卷期 2011,19(1)

页码 57-62

年份 2011 

分类号 S512.1 

关键词 竹  EST-SSRs  分子标记 

文摘内容 本研究利用毛竹已有的EST序列,开发竹类植物EST-SSR标记,旨在对竹子的分子分类进行研究。通过对3087条毛竹(Phyllostachys pubescens)EST序列进行筛选,获得了408条含有SSR的毛竹EST,在所有的EST-SSR中,三核苷酸重复类型(49.75%)最多,其次是二核苷酸重复类型(43.14%)、五核苷酸重复类型(4.41%)、四核苷酸重复类型(1.72%)和六核苷酸重复类型(0.98%)。不同基序类型中,GAG/CTC基序和AG基序分别是三核苷酸重复类型和二核苷酸重复类型中含量最高的重复基序,分别占18.72%和71.02%。当SSR长度等于18bp时,所检测到的SSR数量最多,达140条。随着SSR长度的增加,所检测到的SSR数量呈下降的趋势。根据搜索出的EST序列,共设计出25对引物,对12个竹类植物进行了扩增效率、多态性及通用性检测。其中18对引物能够扩增出稳定且清晰的条带,16对引物扩增具有多态性,扩增片段长度主要集中在100～500bp,引物有效率达64%。依据扩增结果进行遗传相似性分析,12种竹类植物可分为两大类群: 丛生竹类群(clump bamboos)和散生竹类群(monpodial bamboos),且该分类结果与竹子形态学分类结果基本一致,说明从毛竹中开发EST-SSR标记是一条简便、可行的途径,可用于竹子种内或种间的SSR标记分析,从而研究竹类种质资源遗传多样性。