茶树EST-SSRs分布特征及引物开发

编号 zgly0001371257

文献类型 期刊论文

文献题名 茶树EST-SSRs分布特征及引物开发

作者 王丽鸳  姜燕华  段云裳  成浩  周健  曾建明 

作者单位 中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心  南京农业大学 

母体文献 植物遗传资源学报 

年卷期 2009年04期

年份 2009 

分类号 S571.1 

关键词 茶树  EST-SSRs  分子标记  多态性 

文摘内容 为了在茶树中开发EST-SSR s功能性标记,利用生物信息学方法对NCB I网上公开的3288条茶树(Cam ellia sinensis)ESTs序列进行EST-SSR s特征分析。剔除冗余序列,得到非冗余序列2083条。在非冗余序列中发现含不同重复基元SSR s的EST序列有385条,共486个EST-SSR s,平均相隔2.10 kb出现1个SSR。在2~6 bp的重复基元中,二核苷酸重复基元的SSR s出现频率最高(51.97%),其次是三核苷酸(19.55%)。对所有的重复基元类型进行统计分析发现,所占比例最高的是AG/CT(47.74%),其次分别是AT/TA(4.73%)和AAG/CTT(4.73%)。利用Prim e 5软件,设计了206对EST-SSR s引物,随机选用72对引物进行SSR扩增,发现31对引物可以扩增出条带,其中29对引物具有多态性,多态性比率为93.5%。这些EST-SSR s将有助于茶树基因组学方面的研究。