基于ESTs序列的杨树木质部形成相关EST-SSRs标记的开发与应用

编号 zgly0000658253

文献类型 期刊论文

文献题名 基于ESTs序列的杨树木质部形成相关EST-SSRs标记的开发与应用

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 宋跃朋  江锡兵  张曼  李博  王泽亮  薄文浩  安新民  张志毅 

作者单位 北京林业大学林木育种国家工程实验室  西北农林科技大学园艺学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2010,8(5)

页码 963-970

年份 2010 

分类号 S512.1 

关键词 杨树  木质部形成  EST-SSRs  聚类分析 

文摘内容 ESTs数据库的发展为分子标记的开发提供了宝贵的资源。本研究从NCBI下载与杨树木质部形成相关的5359条ESTs序列,在其中257条序列中检测到279个SSRs位点,检出率为5.2%。全部SSRs共分为84种重复单元,平均长度18.2bp,变幅为15～36bp,平均分布频率1/6.94kb。所有类型中三核苷酸重复单元占总SSRs的41.3%,处于主导地位。AAG占三核苷酸重复单元的比例为27.0%,是三核苷酸重复单元中的优势重复类型。利用primer3在线设计引物,通过生物信息学方法筛选出7对引物,其中6对扩增效果较好。利用筛选出的引物对19个杨树无性系进行扩增,每对引物产生多态性条带数目为3～6条,平均4.16条。引物多态信息量变化范围为0.2267～0.9845,平均0.5485。应用NTSYS软件在相似系数为0.68水平可将19个杨树无性系准确聚类。研究结果表明,利用ESTs序列进行SSRs的开发是一种切实有效的方法,为EST-SSRs在杨树遗传图谱构建以及遗传多样性等方面的应用奠定了基础。