蒺藜苜蓿EST-SSRs分布特征及标记的开发

编号 zgly0001618719

文献类型 期刊论文

文献题名 蒺藜苜蓿EST-SSRs分布特征及标记的开发

作者 屠德鹏  魏臻武  武自念  雷艳芳  张栋  邱伟伟 

作者单位 扬州大学动物科学与技术学院  扬州大学草业科学研究所  上海鼎牛饲料有限公司 

母体文献 草业科学 

年卷期 2011年05期

年份 2011 

分类号 S541.9 

关键词 蒺藜苜蓿  EST-SSRs  引物设计  标记开发 

文摘内容 利用蒺藜苜蓿(Medicagotruncatula)EST数据库开发新的EST-SSRs标记,分析EST-SSRs的分布特征。利用SSRIT软件对NCBI上公布的285 285条蒺藜苜蓿EST序列进行SSR序列的检测,共检测出6 688个SSR序列,分布于6 512个EST中,占整个EST数据库的2.28%。其中二核苷酸重复基元出现的频率最高,占总EST-SSRs的34.4%(2 301条),其次是三核苷酸重复基元,占29.6%(1 982条),4～6核苷酸重复基元所占比例均较小。利用Pri mer Premier 5.0随机设计100对EST-SSRs引物,PCR扩增结果表明,85对引物在蒺藜苜蓿RIL群体亲本A17和A20上有清晰的扩增条带,占合成引物总数的85%,在RIL-8群体中检测到29个EST-SSRs引物有多态性,占可扩增引物的34.1%。本研究开发了85个蒺藜苜蓿EST-SSRs新标记。