陆地棉转录组耐盐相关SNP挖掘及分析

编号 zgly0001528917

文献类型 期刊论文

文献题名 陆地棉转录组耐盐相关SNP挖掘及分析

作者 王晓歌  阴祖军  王俊娟  王德龙  樊伟丽  王帅  叶武威 

作者单位 中国农业科学院棉花研究所农业部棉花遗传改良重点开放实验室棉花生物学国家重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2016年06期

年份 2016 

分类号 S562 

关键词 转录组  SNP检测  GO分析  Pathway分析 

文摘内容 为了挖掘陆地棉可能与耐盐性相关的功能SNP,本实验以耐盐陆地棉品种中9409为材料,从对照和盐胁迫材料的叶片转录组数据检测SNP,并进行GO和Pathway注释。从对照（ck,c）和处理（salt-treated,s）中分别检测到SNPc（对照中的SNP）12 659个、SNPs（处理材料的SNP）16 871个,其中对照特有SNP（SNPc-only）2 102个,盐胁迫后样品特有SNP（SNPs-only）4 547个。GO注释分析发现geneSNPc,geneSNPs,geneSNPc-only在分子功能、细胞组分、生物进程富集的比例基本一致,而gene SNPs-only在每个分类中的基因比例都明显大于前三个。Pathway分析表明,geneSNPc,geneSNPs,geneSNPc-only,geneSNPs-only显著富集的通路也不完全相同。以磷酸肌醇代谢途径和茉莉酸信号途径为重点,qRT-PCR（Quantitative Real Time PCR）验证通路中的差异表达基因,并初步分析这些基因上SNP的位置、酶切效应以及是否会导致氨基酸变异。