梨反转录转座子逆转录酶序列预测及其进化和转录分析

编号 zgly0001476088

文献类型 期刊论文

文献题名 梨反转录转座子逆转录酶序列预测及其进化和转录分析

作者 蒋爽  蔡丹英  滕元文 

作者单位 浙江大学园艺系  农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2014年11期

年份 2014 

分类号 S661.2 

关键词 梨  Ty1-copia  Ty3-gypsy  逆转录酶  预测 

文摘内容 基于生物信息学方法对‘酥梨’基因组中不同类型的逆转录酶进行预测,共获得345条copia类和99条gypsy类逆转录酶。通过系统聚类,copia类逆转录酶可分为Ivana、Ale、TAR、Angela、Maximus和Bianca等6类;gypsy类逆转录酶可分为Athila、Tat、CRM、Reina和Tekay等5类。序列比对结果显示梨中逆转录酶具有较高的异质性,copia类逆转录酶序列分歧度为0.44,gypsy类为0.38。挑选出8类逆转录酶设计引物,并对梨属其它植物进行PCR扩增,结果显示这8类逆转录酶广泛存在于梨属植物中。在砂梨品种‘圆黄’的叶片、种子和果实中均发现该8类逆转录酶存在一定的转录水平,这是首次发现在梨属植物正常生长组织中逆转录酶发生转录。