桂花LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析

编号 zgly0001576107

文献类型 期刊论文

文献题名 桂花LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析

作者 王庆竹  李慧平  文晓鹏  范付华 

作者单位 贵州大学林学院  贵州大学贵州省农业生物工程重点实验室  贵州大学贵州省森林资源与环境研究中心 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2018年02期

年份 2018 

分类号 S685.13 

关键词 桂花  反转录转座子  Ty1-copia  Ty3-gypsy  反转录酶  异质性 

文摘内容 克隆获得桂花Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶(reverse transcriptase,RT)序列,并对其序列变化特点进行分析,以期为桂花基因组进化和多样性研究提供依据。根据Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子RT保守区设计简并引物,以桂花叶片基因组DNA为模板,通过PCR扩增,分别得到260和430 bp左右的目标条带,经回收、克隆、测序及相关生物信息学软件进行序列分析后,获得49条Ty1-copia类反转录转座子RT序列和20条Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列。通过核苷酸聚类,Ty1-copia类反转录转座子RT序列分为4类。这些序列长度为255~271 bp,序列相似性为32.0%~96.9%。翻译成氨基酸后,有2条序列出现移码突变,16条序列出现终止密码子突变。Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列也分为4类。序列长度为408~449 bp,相似性为54.7%~98.8%。有8条序列发生移码突变,10条序列发生终止密码子突变。经反转录转座子RT氨基酸序列比对,桂花与梅花、李、枣等可能有共同的起源。桂花Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列具有高度异质性;系统进化树分析表明,桂花与不同物种间可能存在反转录转座子的横向传递。