两个花色印度野牡丹转录组De novo数据分析

编号 zgly0001566226

文献类型 期刊论文

文献题名 两个花色印度野牡丹转录组De novo数据分析

作者 郑涛  林艺华  林秀香  苏金强  林秋金  陈振东  王美盛 

作者单位 福建省热带作物科学研究所 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2017年02期

年份 2017 

分类号 S685.11 

关键词 野牡丹  花色  转录组  De novo  RNA测序 

文摘内容 项目构建了两个花色印度野牡丹不同花期6份花瓣样品的转录组数据库,共获得387 450 968条读段(Reads),有效读段数据(Clean reads)375 952 826条,占比97.03%,其中包含54 795 712 285 nt数据信息,6个样品的高质量Clean reads比例均达95%以上;对获得的高质量序列进行组装,获得非冗余的基因(Unigene)数据54 725条,总长度56 818 948 nt,N50平均长度1 909 nt;Clean reads在Unigene上被比对到的reads数(Mapped reads)为316 210 813条,匹配率84.109 2%,能够唯一比对到的reads片段(Unique mapped reads)为296 302 103条,唯一匹配率78.813 6%。所得数据将为野牡丹属植物控制花色的相关功能基因开发、利用奠定基础。