中华鳖表达序列标签资源中的微卫星信息分析

编号 zgly0001449057

文献类型 期刊论文

文献题名 中华鳖表达序列标签资源中的微卫星信息分析

作者 许晓军  张海琪  张超  何中央 

作者单位 浙江省水产技术推广总站 

母体文献 经济动物学报 

年卷期 2013年01期

年份 2013 

分类号 S966.5 

关键词 中华鳖  表达序列标签  微卫星 

文摘内容 从NCBI下载中华鳖表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)序列178条及浙江省水产农业新品种选育重大科技专项课题组构建的中华鳖腐皮病肝脏cDNA文库测序得到的4 146条EST序列中,通过去除片段长度过短和冗余的序列,得到全长为1 630.26 kb的2644条无冗余EST。采用MISA软件从这些序列中搜索到197个SSR,分布于137条EST序列中,出现频率为7.45%,平均分布频率为8.28 kb。2和3碱基重复是中华鳖主要的重复类型,分别占EST-SSR总数的60.91%和35.53%。AC/GT和AGC/CTG是2、3碱基重复中的优势类型,分别占2、3碱基重复的44.17%和62.86%。结果显示,中华鳖EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富,根据中华鳖EST数据发掘SSR标记是一条可行的途径。