松属编码区微卫星特征和相应基因功能分析（英文）

编号 zgly0001462816

文献类型 期刊论文

文献题名 松属编码区微卫星特征和相应基因功能分析（英文）

作者 孔凡明  王小龙  陈赢男  李淑娴  徐进  尹佟明 

作者单位 南京林业大学  林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室  南京林业大学林  木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室 

母体文献 南京林业大学学报(自然科学版 

年卷期 2014年02期

年份 2014 

分类号 Q943 

关键词 表达序列标签  序列组装  微卫星  松属 

文摘内容 从GenBank下载453 892条松属EST序列,序列组装后得到20 886条contig。用Sputnik软件从这些contig中查找了2 678个微卫星,其中3碱基重复微卫星占的比例最高,为59.2%,而其他重复长度的微卫星都相对较低,比例分别为:2碱基重复微卫星占12.0%,4碱基重复微卫星占13.3%,5碱基重复微卫星占15.5%。3碱基重复微卫星变化引起的基因读码框改变最小,松属树种基因区3碱基重复微卫星的富集显示了强烈的密码子选择效应。此次研究还对查找到的微卫星进行了引物设计和扩增分析。实验结果显示,设计的微卫星引物在云南松中的扩增成功率是72.9%。从扩增成功的引物中进一步选取了155对引物,对14个松属树种和1个黄杉属树种进行了引物通用性实验分析,结果显示155对引物在14个松属树种间的通用性在71.0%以上,而在黄杉属树种中的通用性只有25.2%。对松属树种中含有微卫星的基因进行了功能分类研究,结果显示基因在是否保留微卫星序列方面有显著分化,微卫星参与了如细胞成分分类的共质体组成、病毒颗粒及病毒颗粒组成、生物节律调控,以及生长素转运蛋白等生物学过程。