草原1号杂花苜蓿花蕾转录组SSR序列特征

编号 zgly0001733842

文献类型 期刊论文

文献题名 草原1号杂花苜蓿花蕾转录组SSR序列特征

作者 徐舶  石凤翎  乌日娜  乔雨  王佳 

作者单位 内蒙古农业大学草原与资源环境学院草地资源教育部重点实验室 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2021,(08)

页码 2-9

年份 2021 

分类号 S541 

关键词 杂花苜蓿  花蕾转录组  微卫星  分子标记  苜蓿育种 

文摘内容 [目的]对草原1号杂花苜蓿花蕾转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记和辅助育种选择研究奠定基础。[方法]利用MISA软件对草原1号杂花苜蓿花蕾转录组数据进行简单重复序列(SSR)位点搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析。[结果]在286 409条非冗余单基因簇(Unigene)序列中共挖掘到57 368个SSR位点,SSR出现频率为20.03%,平均分布距离5.84 kb。重复基元数量以单核苷酸(68.45%)为主,三核苷酸(16.46%)次之。在129种重复基元中,以A/T类型基元(68.15%)最高,其次为AG/CT基元(6.56%)。SSR基元重复次数主要集中在6～15次,核苷酸数量随着基元重复次数的增加而减少。SSR长度主要集中在12～40 bp(55.58%),具有较高多态性潜能的SSR(长度≥20 bp)位点数为9 166(15.98%)。[结论]草原1号杂花苜蓿SSR位点出现频率高、基元重复次数和类型丰富、多态性潜能高,可用于苜蓿遗传多样性与品种的分子鉴定及分子标记辅助选择。