宽皮柑橘单核苷酸多态性的高分辨率熔解曲线分型

编号 zgly0000794941

文献类型 期刊论文

文献题名 宽皮柑橘单核苷酸多态性的高分辨率熔解曲线分型

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 吴波  杨润婷  朱世平  钟云  姜波  曾继吾  钟广炎 

作者单位 西南大学园艺园林学院  中国农业科学院柑桔研究所 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2012,39(4)

页码 777-782

年份 2012 

分类号 S666.2 

关键词 宽皮柑橘  高分辨率熔解曲线  单核苷酸多态性  基因分型 

文摘内容 高分辨率熔解曲线分析(High resolution melting analysis,HRM)可以检测单碱基改变引起的DNA双链熔解温度(Tm)值变化,从而可以对样本在单核苷酸多态性分子标记(Single nucleotide polymor-phism,SNP)上进行基因分型。通过分析NCBI数据库中宽皮柑橘的表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)数据鉴别SNP位点,并用小片段扩增法高分辨率熔解曲线分型技术(High resolution melting analysis of small amplicons)分析11个宽皮柑橘(Citrus reticulata)品种以及柳橙(Citrus sinensis Osbeck var.‘Liucheng’)的5个SNP位点的基因型。结果显示,小片段扩增法高分辨率熔解曲线分型可以快速、清楚地分辨纯合与杂合基因型,在校正温度差异后也可以很好地分辨同一个SNP位点不同的纯合型。统计分析表明样本在所有SNP位点上均存在多态性,5个SNP位点的平均多态性信息含量(PIC)为0.3190,显示样本在这组SNP位点上具有较高的杂合率。