芝麻SNP和InDel标记遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析

编号 zgly0001566457

文献类型 期刊论文

文献题名 芝麻SNP和InDel标记遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析

作者 魏利斌  苗红梅  李春  段迎辉  徐芳芳  张海洋 

作者单位 河南省农业科学院芝麻研究中心 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2017年08期

年份 2017 

分类号 S565.3 

关键词 芝麻  SNP  InDel  遗传多样性  群体结构  连锁不平衡 

文摘内容 为了利用关联分析发掘芝麻种质资源中所携带的优异等位基因,并了解其对目标性状的贡献值。本研究利用随机分布于芝麻基因组中的206对多态性分子标记(167对SNP标记和39对In Del标记),对101份来自国内外的芝麻材料进行遗传多样性、亲缘关系、群体结构及连锁不平衡分析。206对标记共检测到413个等位基因;标记位点的基因多样性范围在0.01~0.53,平均为0.35;多态性信息含量(PIC)变幅为0.01~0.46,平均为0.28。供试芝麻材料间的遗传距离变幅为0.08~0.88,平均为0.43。聚类结果显示101份芝麻材料被划分为两大亚群:中国绝大部分(93.42%)芝麻材料被划分为第一大亚群,国外绝大部分(80.0%)芝麻材料被划分为第二大亚群。中国北方区(NR)与美洲区(AMR)的材料遗传距离最远(0.36);中国北方区(NR)与中部区(CR)的遗传距离最近(0.04)。群体结构分析显示供试芝麻群体由2个亚群组成,该结果与聚类分析以及主坐标分析结果一致。另外,绝大多数芝麻材料(>84%)间的亲缘关系较远(亲缘关系值<0.2)。连锁不平衡分析显示不同位点组合间存在一定程度的LD。利用SNP和InDel标记成功分析了101份芝麻品种的遗传多样性、亲缘关系、群体结构和连锁不平衡程度,本研究结果为后期芝麻杂交组合的配置以及利用关联分析准确挖掘芝麻有利基因提供了依据。