芸薹属作物TT8基因鉴定与生物信息学分析

编号 zgly0001748944

文献类型 期刊论文

文献题名 芸薹属作物TT8基因鉴定与生物信息学分析

作者 陈镇  何晓莹  任静  俎峰  赵凯琴  李根泽  黄晓霞  程小毛 

作者单位 西南林业大学园林园艺学院  云南省农业科学院经济作物研究所 

母体文献 西南林业大学学报:自然科学 

年卷期 2022,42(6)

页码 44-55

年份 2022 

分类号 Q7 

关键词 芸薹属  TT8基因  生物信息学  sgRNA 

文摘内容 为探明芸薹属作物TT8基因的序列特征和基因组组成,以拟南芥TT8基因为种子序列,利用BLAST工具对芸薹属作物(白菜、甘蓝、甘蓝型油菜、芥菜、黑芥)TT8同源基因进行系统鉴定,对其核苷酸和氨基酸序列进行比较分析。结果表明:在芸薹属作物中共鉴定出7个AtTT8同源基因,其中甘蓝型油菜2个、白菜1个、甘蓝1个、芥菜2个、黑芥1个。芸薹属作物7个TT8基因的基本理化性质、亚细胞定位和蛋白三级结构等均无明显差异;氨基酸序列高度相似,均属bHLH超家族,其中甘蓝型油菜两个TT8同源拷贝分别同白菜与甘蓝聚为一类,亲缘关系紧密;sgRNA分析获得了4条在7个AtTT8同源基因中均高度保守存在的sgRNA位点,推测与TT8基因功能高度相关。最后,本研究还分析43份甘蓝型油菜种质材料的重测序数据,在甘蓝型油菜TT8两个同源基因中共检测到11个多态性位点,包括4个SNP和7个InDel,总频率分别为0.00109和0.00199,均位于5’UTR区。