马缨杜鹃MYB转录因子的全基因组鉴定及生物信息学分析

编号 zgly0001652544

文献类型 期刊论文

文献题名 马缨杜鹃MYB转录因子的全基因组鉴定及生物信息学分析

作者 张文香  王自布  钱长江  黄娟 

作者单位 贵州师范学院生物科学学院  贵州师范学院药用植物生物技术研究所  贵州师范大学荞麦产业技术研究中心 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年22期

年份 2018 

分类号 S685.21 

关键词 马缨杜鹃  MYB  全基因组  生物信息学 

文摘内容 MYB基因是一类大的转录因子家族,广泛参与植物的各种生命活动,但是杜鹃中关于此类转录因子的研究甚少,为杜鹃的分子育种提供基因资源,本研究在全基因组范围对马缨杜鹃MYB基因进行鉴定与分析。以马缨杜鹃基因组数据为基础,通过本地blast和HMMER search,全面鉴定MYB转录因子,通过MEME、HMMSCAN以及blastn比对,去除不含MYB结构域或者MYB结构域不完整的序列,以及冗余序列,通过Weblogo在线工具对R2和R3的保守基序进行分析,通过MEGA6分析了马缨杜鹃与拟南芥2R-MYB基因的进化关系。得到4条3R-MYB基因、81条2R-MYB基因、85条1R-MYB基因,保守基序分析发现马缨杜鹃MYB基因的R2和R3结构域具有典型的保守色氨酸残基和3个α螺旋结构,进化树分析将马缨杜鹃2R-MYB基因分为了29个亚组,基因复制分析发现有两对基因是复制关系。本研究获得的MYB基因序列和进化树分析,为马缨杜鹃甚至杜鹃属植物的MYB基因的功能研究提供了科学依据。