华仁杏幼果转录组SSR信息分析及其分子标记开发

编号 zgly0001644839

文献类型 期刊论文

文献题名 华仁杏幼果转录组SSR信息分析及其分子标记开发

作者 赵罕  高福玲  郭欢欢  乌云塔娜  朱高浦 

作者单位 中国林业科学研究院经济林研究开发中心  河南省经济林和林木种苗工作站  郑州植物园 

母体文献 植物遗传资源学报 

年卷期 2018年05期

年份 2018 

分类号 S662.2 

关键词 华仁杏  微卫星  转录组 

文摘内容 为了解华仁杏微卫星(SSR)分布规律,开发EST-SSR引物,为华仁杏种质资源评价与辅助育种提供有效的鉴定标记。本研究采用生物信息学方法对华仁杏幼果转录组SSR位点的数量、频率、分布特征进行了统计分析;利用转录组数据进行了SSR引物的筛选和开发,并利用开发出的引物对华仁杏29个无性系进行了多态位点检测和鉴定。结果表明:华仁杏幼果EST-SSR的分布频率为19.21%,重复单元的重复次数分布在5~24次之间,优势重复基序为单核苷酸、2核苷酸、3核苷酸,分别占总SSR的19.81%、46.47%、32.49%。参试的139对引物中有39对引物可扩增出目标序列,其中24对引物可检测出多态性位点,占参试引物总数的17.27%。24对引物在29个华仁杏无性系中共检测出了170个等位基因位点,多态性信息含量(PIC)介于0.33~0.87之间,平均为0.64,其中高多态性引物19条,占多态性引物比例的79.2%。本研究对华仁杏转录组SSR信息进行了分析,并开发出了19对高多态性SSR引物,5对中多态性引物,为华仁杏种质资源评价及分子标记辅助育种提供了基础。