碧桃花瓣转录组微卫星特征分析

编号 zgly0000959590

文献类型 期刊论文

文献题名 碧桃花瓣转录组微卫星特征分析

作者 马秋月  廖卓毅  张得芳  戴晓港  陈赢男  李淑娴 

作者单位 南京林业大学南方现代林业协同创新中心 

母体文献 南京林业大学学报;自然科学版 

年卷期 2015(3)

页码 34-38

年份 2015 

关键词 碧桃  微卫星  SSR  转录组  高通量测序 

文摘内容 为开发碧桃转录组微卫星信息,利用454高通量测序技术,对其花瓣转录组序列进行SSR位点发掘,结果发现含SSR的序列4 705条,共得到5 668个SSR,平均每3.49 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以三碱基重复为主,约占总数的42.66%。笔者共发现516种碱基重复基元,所占比例最高的为(AG/CT)n(18.34%),其次是(AAG/CTT)n(12.42%)。微卫星多为重复长度小于20 bp的短序列,长度大于20 bp的微卫星仅占总数的12.13%。研究还发现碧桃花瓣微卫星的频率和长度呈显著负相关(P<0.05),相关系数为-0.246。