2个野扁桃自交不亲和SFB基因全长的克隆与序列分析

编号 zgly0001565753

文献类型 期刊论文

文献题名 2个野扁桃自交不亲和SFB基因全长的克隆与序列分析

作者 曾斌  关鹏  李疆  罗淑萍  李伟阳  田嘉  李鹏 

作者单位 新疆农业大学林学与园艺学院  新疆农业大学果树学新疆特色果树研究中心  新疆农业大学农学院 

母体文献 经济林研究 

年卷期 2017年02期

年份 2017 

分类号 S662.9 

关键词 新疆野扁桃  自交不亲和性  SFB基因  生物信息学  RACE 

文摘内容 为给野扁桃的遗传改良和自交不亲和机制的进一步研究提供理论依据,以新疆野扁桃花药为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆野扁桃自交不亲和性花粉特异性决定因子编码基因SFB全长序列。采用BLAST进行序列比对,ORF Finder寻找开放阅读框,CDD分析蛋白保守结构域,Prot Param分析蛋白理化性质,TMHMM预测蛋白跨膜区,Signal P预测蛋白信号肽,Sub Loc预测蛋白亚细胞定位,SOPMA分析蛋白二级结构,DANMAN进行氨基酸多序列比对,MEGA6进行系统进化分析,Prot Fun预测蛋白功能。结果表明:克隆到的Pt SFB16基因和Pt SFB17基因属于F-box基因家族,与其它多种植物的SLF/SFB基因的序列相似度为88%,推导的氨基酸序列均具有F-box蛋白典型结构;Pt SFB16基因ORF长1 146 bp,编码381个氨基酸,Pt SFB17基因ORF长1 131 bp,编码376个氨基酸;预测2个SFB蛋白均为略显亲水性、不稳定的细胞质蛋白,二级结构均以α-螺旋,延伸链和无规则卷曲为主,SFB/SLF蛋白在蔷薇科李属植物中具有较高的系统进化一致性,种间同源性可能大于种内同源性,SFB蛋白可能的功能主要有辅助因子生物合成、能量代谢和裂合酶。