‘芙蓉李’转录组SSR信息分析与分子标记开发

编号 zgly0001523601

文献类型 期刊论文

文献题名 ‘芙蓉李’转录组SSR信息分析与分子标记开发

作者 方智振  叶新福  周丹蓉  姜翠翠  潘少霖 

作者单位 福建省农业科学院果树研究所 

母体文献 果树学报 

年卷期 2016年04期

年份 2016 

分类号 S662.3 

关键词 李  SSR  转录组 

文摘内容 【目的】明确‘芙蓉李’转录组SSR总体特征,开发SSR引物,为李种质资源多样性分析和品种鉴定等奠定基础。【方法】采用MISA分析‘芙蓉李’转录组SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择40对引物对8个李品种进行多态性分析。【结果】在‘芙蓉李’转录组中,共检测到7 601个SSR位点,分布于5 434条Unigene,SSR位点出现频率为54.51%(SSR位点数7 601与大于1 kb的Unigene数13 944的比值)。其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的42.19%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的37.72%和18.48%。A/T和AG/CT是单核苷酸和二核苷酸的优势重复基元。对7 601个SSR位点设计出4 235对SSR引物。随机选择40对引物进行PCR扩增,其中17对在8个李品种中表现出多态性。【结论】李转录组数据是开发SSR标记的有效来源,开发的SSR标记可为李种质资源遗传多样性分析等提供了丰富的候选标记。