山葡萄VaCBF3基因克隆及生物信息学分析

编号 zgly0001670512

文献类型 期刊论文

文献题名 山葡萄VaCBF3基因克隆及生物信息学分析

作者 冯连荣 

作者单位 辽宁省杨树研究所 

母体文献 辽宁林业科技 

年卷期 2019年03期

年份 2019 

分类号 S663.1 

关键词 山葡萄  CBF基因  生物信息学分析 

文摘内容 为预测山葡萄VaCBF3基因的功能,利用RT-PCR方法从低温处理的山葡萄中克隆出抗寒转录因子VaCBF3基因。利用生物信息学方法对其结构域及功能进行预测,包括开放阅读框分析、基本理化性质分析、保守结构域分析、信号肽预测、蛋白修饰位点分析、疏水性分析、系统进化分析、蛋白质二级结构及三级结构预测等。结果表明:经测序VaCBF3基因序列全长为854 bp,编码239个氨基酸,序列提交至GenBank中(登录号为:EU672969;蛋白登录号为:ACD45468.1)。该基因属于AP2 superfamily家族,具有AP2保守结构域;蛋白相对分子量为25.9 kDa,分子式为C1109H1754N332O364S11,原子总数为3 570,理论等电点为7.1;为不稳定亲水蛋白,不含信号肽;共计43个磷酸化位点,1个N-糖基化位点,39个O-糖基化位点;二级结构中α-螺旋占25.94%,β-转角占4.60%,不规则卷曲链56.07%,延伸链占13.39%;三级结构含有1个α-螺旋和3个β-折叠。系统发育树分析表明,VaCBF3蛋白与Vitis amurensis聚为一支,亲缘关系最近,与V. vinifera、V. riparia亲缘关系较远。