杏扁PaCBF1基因密码子偏好性分析

编号 zgly0001644854

文献类型 期刊论文

文献题名 杏扁PaCBF1基因密码子偏好性分析

作者 薛拥志  王宝地  王连荣 

作者单位 河北北方学院动物科技学院  河北北方学院理学院  河北北方学院园艺系 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年15期

年份 2018 

分类号 Q943.2  S662.2 

关键词 杏扁  CBF基因  密码子  偏好性  聚类分析 

文摘内容 为了研究杏扁PaCBF1基因密码子偏好性,以及为其选择适合的受体,本研究利用CHIPS、CUSP在线程序以及Codon W1.4.2软件对杏扁PaCBF1基因密码子偏好性进行分析;利用SPSS 22.0软件、MEGA5.0软件对各树种CBF基因进行聚类分析。结果表明,杏扁PaCBF1基因ENc值和CAI值分别为54.053、0.163;编码区G+C含量高于A+T含量,并且偏向于G/C结尾的密码子;其他树种CBF基因也偏向于G/C结尾的密码子。聚类分析表明,杏扁与梅的密码子使用偏性的相似性较高。密码子使用频率比较分析,发现杏扁PaCBF1基因密码子使用频率与酵母、大肠杆菌、烟草、拟南芥基因组密码子之间存在一定的差异。因此,要使杏扁PaCBF1基因在4种模式生物中高效表达,需将杏扁PaCBF1基因改造成宿主基因组偏爱的密码子。此研究为PaCBF1基因选择适合的受体提供了依据,同时也为进一步研究杏扁PaCBF1基因的表达、功能以及对非生物逆境的抵抗机制提供理论依据。