籽粒苋丙酮酸磷酸二激酶(PPDK)基因的密码子偏好性

编号 zgly0001479157

文献类型 期刊论文

文献题名 籽粒苋丙酮酸磷酸二激酶(PPDK)基因的密码子偏好性

作者 聂江婷  白云凤  贺飞燕  闫建俊  张维锋 

作者单位 山西大学生物工程学院  山西省农业科学院作物科学研究所  山西省农业科学院农作物品种资源研究所  农业部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室 

母体文献 植物学报 

年卷期 2014年06期

年份 2014 

分类号 Q946.5 

关键词 籽粒苋  密码子偏好性  PPDK基因 

文摘内容 运用CHIPS、CUSP和Codon W等程序分析了双子叶C4植物籽粒苋(Amaranthus hypochondriacus)丙酮酸磷酸二激酶(PPDK)基因的密码子偏好性,并与马铃薯(Solanum tuberosum)和苜蓿(Medicago truncatula)等双子叶植物及水稻(Oryza sativa)和玉米(Zea mays)等单子叶植物进行了比较,建立了聚类树状图,以期在作物高光效基因工程中为籽粒苋PPDK基因选择合适的受体植物提供依据。研究结果表明,籽粒苋PPDK基因偏好于以A或T结尾的密码子,与其它几种被比较的双子叶作物的PPDK基因密码子偏好性趋势一致,而玉米和水稻等单子叶植物更偏好使用以G或C结尾的密码子。PPDK基因密码子使用偏好性的系统聚类分析表明,籽粒苋与马铃薯和苜蓿等双子叶植物聚为一类,而稗草(Echinochloa crusgalli)、玉米和高粱(Sorghum bicolor)等单子叶植物聚为一类,与系统进化地位一致。但单子叶植物水稻的密码子偏好性与籽粒苋较为接近,与玉米和高粱相差较远。为了选择合适的蛋白质表达系统,比较并分析了籽粒苋PPDK基因的密码子偏好性与大肠杆菌(Escherichia coli)及酵母菌的异同,发现其与酵母菌的差异小于大肠杆菌,表明选择酵母菌表达系统更为合适。