慈竹CCoAOMT基因的克隆及生物信息学分析

编号 zgly0001433105

文献类型 期刊论文

文献题名 慈竹CCoAOMT基因的克隆及生物信息学分析

作者 吴晓宇  胡尚连  曹颖  卢学琴  任鹏  周美娟  李晓瑞 

作者单位 西南科技大学生命科学与工程学院 

母体文献 南京林业大学学报(自然科学版 

年卷期 2012年03期

年份 2012 

分类号 S795 

关键词 慈竹  CCoAOMT  基因克隆  生物信息学分析 

文摘内容 咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶是木质素生物合成过程中的关键酶之一。该研究以慈竹嫩茎为材料,采用RT-PCR及RACE方法,克隆CCoAOMT基因,并对其进行生物信息学分析。结果表明:1个慈竹CCoAOMT基因cDNA全长序列被成功克隆,该序列全长为1 080 bp,含有1个777 bp的读码框,编码了1个包含258个氨基酸的蛋白质,分子质量约为28.861 ku,等电点为5.33,二级结构中α-螺旋占42.25%,β-转角占8.91%,延伸链占15.89%、无规则卷曲占32.95%。对氨基酸多序列比对发现,慈竹与绿竹的CCoAOMT1基因亲缘关系最近,但慈竹CCoAOMT基因编码的氨基酸与绿竹相比,在第10位点上发生了缺失,5个位点发生了变异。慈竹、绿竹、毛竹、玉米CCoAOMT基因编码的氨基酸中都含有1个相对保守的无序化区域。NaC-CoAOMT1基因组织表达结果表明,其在未展开叶、笋上部和中部、茎的上部和中部的表达量较高。笔者将克隆并获得的慈竹木质素合成酶CCoAOMT基因全长序列(GenBank注册号为JF742462)命名为NaCCoAOMT1,分析认为其可能与慈竹木质素生物合成有关。