白芨转录组特性分析

编号 zgly0001577167

文献类型 期刊论文

文献题名 白芨转录组特性分析

作者 姜福星  魏丕伟  魏帼英  孙晓兰  王亚娟  高顺  陈其兵 

作者单位 四川农业大学园林研究所  四川理工学院生物工程学院  山东烟台工贸技师学院旅游商贸系  四川农业大学生态林业研究所 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年07期

年份 2018 

分类号 S567.239 

关键词 白芨  转录组测序  特性分析  多糖 

文摘内容 白芨(Bletilla striata)具有较高的药用、经济和观赏价值,但是其基因组和转录组序列未知,严重影响了其的研究开发和利用。本研究采用His4000测序平台对白芨的全株进行了转录组测序分析,共获得原始数据6.8 G,有效数据6.7 G,243 410条Unigene,经过与NR、GO、KOG及KEGG等数据库进行比较分析后,83 541条Unigene被注释到NR数据库,50 178条Unigene被注释到GO数据库,10 007条Unigene在KOG数据库获得注释,43 637条Unigene在Swissprot数据库获得注释,15 321条被注释到KEGG代谢途径中,2 021条Unigene参与了糖类代谢,1 309条Unigene参与了氨基酸合成和代谢,120条Unigene参与了萜类合成,106条转录因子与代谢相关;微卫星位点有31 958个,其中单核苷酸最多,15 709个,占49.16%,其次为二核苷酸和三核苷酸,分别有9 145个和7 104个,占28.62%和22.23%。本研究为白芨的重要功能基因挖掘、遗传育种及其研究开发提供了参考和依据。