基于Solexa高通量测序的黄曲条跳甲转录组学研究

编号 zgly0001433545

文献类型 期刊论文

文献题名 基于Solexa高通量测序的黄曲条跳甲转录组学研究

作者 贺华良  宾淑英  吴仲真  林进添 

作者单位 仲恺农业工程学院外来有害生物预警与控制研究所 

母体文献 昆虫学报 

年卷期 2012年01期

年份 2012 

分类号 Q963  S433 

关键词 黄曲条跳甲  Solexa测序  序列重叠群  独立基因  转录组 

文摘内容 黄曲条跳甲Phyllotretastriolata(Fabricius)是十字花科蔬菜的重要害虫。为深入了解其遗传信息,本研究应用新一代高通量测序技术Illumina’sSolexa平台对黄曲条跳甲成虫的转录组进行测序,并结合SOAPdenovo拼接聚类等分析软件,获取大量的EST和挖掘功能基因。本文最终获得了4924条序列重叠群(contig),其中包含2209种与黑腹果蝇Drosophilamelanogaster蛋白基因具直系同源的独立基因(unigene)和610种黄曲条跳甲物种特有的unigene。结合GeneOntology(GO)数据库进行分析,发现大部分的unigene具结合能力(bindingcapability)和催化活性(catalyticactivity);上百种unigene可聚类于生物学过程分类中的配子发生、生殖腺发育和交配行为等重要功能。另外,结合KEGGPathway数据库分析发现,共有363种unigene参与或涉及了40种代谢路径,其中生物钟调控路径和植物次生代谢物路径等相关基因的发现,有助于深入研究黄曲条跳甲行为发生的内在机理。Solexa高通量测序技术作为昆虫功能基因组研究的重要手段,为发掘黄曲条跳甲功能基因发挥了重要作用,也为在分子水平上研发黄曲条跳甲的防治新策略提供了更翔实的基因信息。