云南金花茶转录组SSR的分布及其序列特征

编号 zgly0001676926

文献类型 期刊论文

文献题名 云南金花茶转录组SSR的分布及其序列特征

作者 叶鹏  李显煌  唐军荣  李斌  张贵良  刘成  雷瀚  辛培尧 

作者单位 西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室  西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室  毕节市林业科学研究所  云南省大围山国家级自然保护区河口管理分局 

母体文献 中南林业科技大学学报 

年卷期 2019年09期

年份 2019 

分类号 S685.14 

关键词 云南金花茶  转录组  SSR特征 

文摘内容 分析云南金花茶转录组中的SSR位点信息及其序列分布特征,为SSR引物的大量开发奠定前期基础。利用MISA软件分析了云南金花茶转录组数据155 011条Unigenes的SSR位点信息,在云南金花茶转录组中共检测到30 435个SSR位点,出现频率为19.63%,平均3.46 kb就出现1个SSR位点。而重复基元类型从二核苷酸到六核苷酸均有出现,其中二核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的71.44%;其次是三核苷酸,占SSR总数的25.48%;四核苷酸到六核苷酸仅占3.08%。AG/TC与CT/GA是二核苷酸的优势重复基元,分别占总基元的26.75%与25.17%;CTT/GAA与AGA/TCT是三核苷酸的优势重复基元,分别占总数的2.64%与2.23%。根据云南金花茶转录组测序结果,云南金花茶转录组的SSR位点出现的频率较高,具有丰富的基元类型,并且有较高的重复次数,具有较高的多态性潜力。随机选出50对设计的SSR引物用于检测,其中有14对引物能扩增出清晰且单一的谱带。对云南金花茶转录组数据中SSR位点信息进行分析,可为其SSR引物的设计与筛选、SSR遗传多样性分析以及种质资源的保护提供理论依据。