萝卜EST资源的SSR信息分析及EST-SSRs标记开发

编号 zgly0001420182

文献类型 期刊论文

文献题名 萝卜EST资源的SSR信息分析及EST-SSRs标记开发

作者 崔娜  邱杨  李锡香  沈镝  王海平  宋江萍 

作者单位 中国农业科学院蔬菜花卉研究所  农业部蔬菜作物基因资源与种质创制北京科学观测实验站 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2012年07期

年份 2012 

分类号 S631.1 

关键词 萝卜  EST  SSR特征  标记开发 

文摘内容 从NCBI数据库下载了287349条萝卜EST序列,经预处理后得到无冗余EST序列58105条,全长38 22.476kb。利用MISA搜索SSR位点,得到含有SSR位点的EST序列3523条,共3718个SSR,平均每 10.39kb就出现1个SSR。分析发现萝卜EST序列中存在265种重复基元类型,其中二、三、六核苷酸重复是主导的重复基元类型,二核苷酸中以比例高达91.34%的AG/CT重复基元为主;三核苷酸中主导的重复基元类型是AAG/CTT,比例为35.86%;六核苷酸中,存在两种主要的重复基元,分别为AAGGAG/CCTCTT和AAGAGG/CCTTCT,所占比例为12.78%。这些结果表明,萝卜 EST-SSRs出现频率较高,类型丰富,具有良好的多态性潜能和开发利用价值。使用primer3.0 批量设计,并以不同主导重复基元类型初步合成183对EST-SSR引物,以12份典型萝卜种质、1对亲本及其F1的基因组DNA为模板,对其有效性进行验证,筛选出有清晰扩增产物的引物159 对,其中具多态性引物64对;在试验亲本及其F1中表现多态性的引物30对,共显性引物27对。