油茶转录组测序与SSR特征分析

编号 zgly0001653952

文献类型 期刊论文

文献题名 油茶转录组测序与SSR特征分析

作者 张震  许彦明  陈永忠  李志钢  王湘南  陈隆升  彭邵锋  马力  王瑞  李美群  唐炜  彭映赫 

作者单位 湖南省林业科学院国家油茶工程技术研究中心 

母体文献 西南林业大学学报(自然科学 

年卷期 2018年06期

年份 2018 

分类号 S794.4 

关键词 油茶  转录组  测序  SSR特征 

文摘内容 以油茶转录组测序数据为基础,利用MISA软件对SSR进行搜索,并对SSR特征进行分析评价。结果表明:油茶转录组中发现104 515个SSR,分布在80 724条Unigene中,分布密度为1/1. 48 kb,平均出现频率为33. 58%。主要的核酸重复类型是单核苷酸和二核苷酸,A/T和AG/CT是优势重复基元,重复比例最高的是10次。基序长度主要分布在12～20 bp之间,占总数的51. 71%。油茶转录组SSR位点具有显著的数量优势、丰富的类型和较好的多态性潜力。