香蕉全基因组NBS抗病基因密码子使用偏好性分析

编号 zgly0001566253

文献类型 期刊论文

文献题名 香蕉全基因组NBS抗病基因密码子使用偏好性分析

作者 方辉  曲俊杰  孙嘉曼  尹玲  黄羽 

作者单位 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室  广西农业科学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2017年03期

年份 2017 

分类号 S668.1  Q943.2 

关键词 香蕉  NBS  密码子偏好性 

文摘内容 为了解香蕉NBS抗病基因的密码子使用特点,掌握其基因编码规律,以香蕉全基因组NBS基因的74条高置信蛋白编码信息为数据来源,借助Codon W等软件对蛋白质的每个氨基酸编码数据进行了统计分析。结果表明,G+C含量范围为32.8%~45.4%,共鉴定获得了GUC和UAC等8个最优密码子且全部以G或C结尾。中性绘图分析发现,大部分基因分布在对角线及其附近区域,ENC与GC3的关联分析显示大部分基因落在标准曲线附近,这些都表明密码子偏好性受到碱基突变影响较大。密码子各参数相关性分析表明,ENC和G3s、C3s的大小都呈显著负相关,在基因表达密码子使用时,更倾向于选择第三位碱基是G/C的同义密码子。本研究分析了香蕉全基因组NBS基因的密码子偏好性,为通过密码子优化来提高NBS基因在香蕉中的表达,对香蕉进行抗性改良具有十分重要的指导作用。