黑斑狗鱼部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选

编号 zgly0000562448

文献类型 期刊论文

文献题名 黑斑狗鱼部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选

作者 王洪哲  殷倩茜  冯志纲  李大宇  孙效文  李婵 

作者单位 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所  大连水产学院生命科学与技术学院 

母体文献 动物学研究 

年卷期 2008,29(3)

页码 245-252

年份 2008 

分类号 Q959.4  Q751 

关键词 黑斑狗鱼  微卫星  磁珠富集 

文摘内容 采用磁珠富集与放射性杂交相结合的方法开发黑斑狗鱼(Esox reieherti Dybowski)基因组微卫星资源。基因组DNA经Sau 3AⅠ限制性内切酶消化后，选取400--900bp的片段进行PCR全基因组扩增，并利用生物素标记的(CA)12、(GA)12探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与pGEM—T载体连接后转入DH5a大肠杆菌中，然后利用γ^-32 P标记的放射性同位素探针进行第二次杂交。结果，共获得微卫星基因组文库1600个菌，杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为90．91％；杂交后得到的阳性克隆为1300个，占87．25％。从中挑出196个进行测序，192(97．96％)个含有微卫星序列。在得到的微卫星序列中，重复单元除CA／GT、GA／CT外，还观察到单碱基、四碱基、五碱基重复单元。根据侧翼序列应用引物设计软件PrimerPremier5．0设计引物70对，选择合成32对，通过优化PCR反应条件，结果有28对引物可扩增出清晰可重复的目的条带。本研究旨在对黑斑狗鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用，并为黑斑狗鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等奠定基础。