忍冬ICE1基因密码子偏好性分析及受体系统选择

编号 zgly0001723858

文献类型 期刊论文

文献题名 忍冬ICE1基因密码子偏好性分析及受体系统选择

作者 宋芸  贾孟君  陈亮  贺嘉欣  高建华  乔永刚 

作者单位 山西农业大学生命科学学院 

母体文献 植物生理学报 

年卷期 2020年11期

年份 2020 

分类号 S567.79 

关键词 忍冬  ICE1  密码子偏好性  系统聚类  瞬时表达 

文摘内容 为揭示忍冬(Lonicera japonica) ICE1基因密码子使用特性,运用CodonW软件、EMBOSS在线程序分析了其密码子的使用偏好性,与山茶等8种植物的ICE1基因的密码子偏好性进行比较,并进行中性绘图、ENc分析和奇偶偏好偏差分析。结果表明:忍冬ICE1基因密码子偏好以A/T结尾,且密码子使用偏好性较弱; RSCU值分析确定忍冬ICE1基因中有27个高频密码子;系统聚类发现,基于CDS的系统聚类比基于RSCU值的系统聚类更加准确;碱基成分和相关性分析发现ICE1密码子除突变影响外,选择效应也产生了一定的影响;密码子使用频率分析发现,拟南芥和烟草均可作为忍冬ICE1基因的遗传转化受体,酵母菌表达系统较大肠杆菌更适合忍冬ICE1基因的异源表达。忍冬ICE1基因密码子偏好性分析及瞬时表达验证,能够为该基因的异源表达和分子遗传研究提供一定的基础。