基于RNA-seq数据开发梨网蝽SSR引物研究

编号 zgly0001677050

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-seq数据开发梨网蝽SSR引物研究

作者 谢瑾燕  周健  黄大庄 

作者单位 河北农业大学林学院  河北农业大学园林与旅游学院 

母体文献 林业与生态科学 

年卷期 2019年03期

年份 2019 

分类号 S433.3 

关键词 梨网蝽  微卫星  转录组  SSR引物 

文摘内容 以梨网蝽为材料,从其转录组中筛选功能微卫星序列(EST-SSR),并进行SSR位点的信息分析,开发梨网蝽SSR引物,旨在为深入探究梨网蝽的分子结构奠定理论基础。对梨网蝽转录组中16 449条基因数据库的数据进行搜索,共找到6 641个SSR位点,分布在4 420条基因数据库中,发生频率(含有SSR位点的基因数据库与基因数据库总数之比)为26.87%。在对其各组分数量分析中,发现梨网蝽转录组中SSR的主要重复类型是单核苷酸重复,占SSR总数的40.41%;其次是三核苷酸重复,占SSR总数的22.76%。本试验共设计80对梨网蝽EST-SSR引物,其中9对引物可以扩增得到预期的条带。