银杏SQUAMOSA启动子结合蛋白(SBP)基因家族的鉴定及表达分析

编号 zgly0001678441

文献类型 期刊论文

文献题名 银杏SQUAMOSA启动子结合蛋白(SBP)基因家族的鉴定及表达分析

作者 杨果  董金金  李萌  汪贵斌  郁万文  杨婷婷  刘艳玲  唐隆平  蒋舜村  王义强 

作者单位 中南林业科技大学林业生物技术湖南省重点实验室  中南林业科技大学经济林培育与保护教育部重点实验室  南京林业大学南方现代林业协同创新中心  东安舜皇山国家森林公园 

母体文献 植物生理学报 

年卷期 2019年07期

年份 2019 

分类号 Q943.2  S792.95 

关键词 银杏  转录组测序  SBP基因家族  生物信息学  表达分析 

文摘内容 SBP转录因子在植物生长发育、信号转导、胁迫应答等方面起着重要的调控作用,由SBP基因家族基因编码。为探究银杏SBP基因家族的特征及表达模式,采用高通量测序技术对银杏的叶、花芽和胚珠进行转录组测序,鉴定SBP基因家族成员,并进行基因定位、miRNA156靶位点预测、进化关系以及表达模式的分析。本研究共鉴定到15个银杏SBP基因家族成员,该基因家族在染色体上分布较分散,编码产物长度差异较大,其中有5个成员具有miRNA156靶位点。蛋白保守基序分析显示,除GbSBP5、GbSBP12、GbSBP14不具有完整的SBP保守结构域外,其余成员编码蛋白均具有SBP保守结构域(包括2个锌指结构和1个核定位信号)。聚类分析表明,银杏SBP基因家族成员可以分为8个亚组。表达分析显示, SBP基因家族成员在银杏叶、花芽、胚珠中的表达水平存在一定差异,且在叶和花芽的不同发育时期呈现出不同的表达模式。本研究为银杏SBP基因家族的功能分析奠定了基础,并为银杏分子育种提供了一定的理论依据。