基于银杏花芽3个分化时期转录组测序的相关基因筛选与表达分析

编号 zgly0001643824

文献类型 期刊论文

文献题名 基于银杏花芽3个分化时期转录组测序的相关基因筛选与表达分析

作者 何崇单  蔡雨蒙  李萌  董金金  刘伟  王俊燚  王义强 

作者单位 中南林业科技大学林业生物技术湖南省重点实验室  中南林业科技大学经济林培育与保护教育部重点实验室 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2018年08期

年份 2018 

分类号 S792.95 

关键词 银杏  转录组测序  开花调控  GI  FT/TFL1  SOC1 

文摘内容 鉴定银杏花芽分化调控的关键基因,揭示银杏花芽分化调控的主要分子机制,为缩短银杏童期和选育银杏早花品种提供理论指导。本研究中采用高通量测序技术对银杏花芽分化3个时期（花芽未分化期、花芽分化始期、花芽分化盛期）的样品进行转录组测序,并分析数字表达谱,筛选开花调控相关基因并进行荧光定量PCR（RT-qPCR）表达验证。转录组测序共产生27.52 Gb原始数据,注释到8大功能数据库（GO、COG、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot、egg NOG）上的unigene总数为35 179个。通过GO分类和KEGG Pathway富集性分析,将unigene分别归于55个GO类别和126个代谢途径。差异表达基因分析显示,花芽未分化期较花芽分化始期有2 253个基因上调,2 032个基因下调;花芽分化始期较花芽分化盛期有1 770个基因上调,1 901个基因下调;花芽未分化期较花芽分化盛期有1 865个基因上调,2 042个基因下调。发掘出大量的开花相关的基因涉及5个开花调控途径（光周期途径、春化途径、赤霉素途径、自主途径和年龄途径）。筛选出gene.Gb17618（GI序列）、gene.Gb19790（FT/TFL1序列）、gene.Gb16301（AG序列）、gene.Gb28337（花发育MADS-box序列）、gene.Gb01884（SOC1序列）和gene.Gb41704（CO序列）等6个银杏花芽分化差异表达关键基因序列,荧光定量PCR检测表达水平与转录组结果一致。