柿属EST-SSR引物设计及遗传多样性研究

编号 zgly0000798451

文献类型 期刊论文

文献题名 柿属EST-SSR引物设计及遗传多样性研究

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 吴硕  傅建敏  乌云塔娜  梁玉琴 

作者单位 中国林业科学研究院经济林研究开发中心  中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室 

母体文献 中南林业科技大学学报 

年卷期 2012,32(3)

页码 152-157

年份 2012 

分类号 S718.46 

关键词 柿属  EST  SSR标记  遗传多样性 

文摘内容 利用从NCBI上下载的9 474条EST(Expressed Sequence Tags)序列,设计并开发EST-SSR引物,用于柿属种质资源的遗传多样性研究。下载的初始序列拼接成1 390条重叠序列和4 097条无重复序列。用SSRHunter软件搜索到601条EST序列中含有540个SSR。SSR出现频率为10.96%,其中以2核苷酸为主。依据检出的SSR-ESTs序列设计SSR引物100对,对9个柿属(Diospyros L.)种质资源样品进行了PCR扩增,其中42对引物有扩增带,占设计引物的42%,其中30对引物有多态性,占可扩增引物的71.4%。同时发现引物15是美洲柿(雄)的特异引物;引物30是青化北野柿的特异标记;引物69和引物80为美洲柿的特异引物;引物99是无核软枣的特异引物。