柿EST-SSR引物的开发及筛选

编号 zgly0000802305

文献类型 期刊论文

文献题名 柿EST-SSR引物的开发及筛选

作者 吴硕  傅建敏  乌云塔娜  梁玉琴  李芳东 

作者单位 中国林业科学研究院  中南林业科技大学资源与环境学院经济林育种与栽培国家林业局重点实验室 

母体文献 经济林研究 

年卷期 2012(3)

页码 27-31

年份 2012 

分类号 S665.2 

关键词 柿  EST  SSR标记 

文摘内容 为丰富柿树SSR引物来源,利用从NCBI下载的9 474条柿属EST序列开发柿EST-SSR引物,并用于分析7个柿品种的遗传多样性。EST序列经去除低质量及冗余片段后拼接成1 390条重叠序列和4 097条无重复序列。共搜索到601条EST序列中含有540个SSR。SSR出现频率为10.96%,其中以2核苷酸为主(61.06%)。利用检出的SSR-ESTs序列设计SSR引物100对,对7个柿样品进行了PCR扩增,31对引物有扩增带,占设计引物的31%,其中14对引物有多态性,占可扩增引物的45.2%。同时发现引物68是临潼板柿的特异引物。引物68的P68-115、P68-160和P68-210处为临潼板柿的3个特异性标记位点,而引物28的P28-225是麻城秋艳的特异性标记位点。